柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
田中真弓 大谷育江 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 山口由里子 矢尾一树 岛田敏 沼田祐介 乃村健次 小野健一 青野武 藤本隆弘 金光祥浩 织田优成 冈本宽志 松本考平 中山真奈美 中尾良平 森岳志 田中大文 安田早希 齐藤贵美子 井上美纪 大场真人 野泽雅子 牛山茂
三石琴乃 福圆美里 野岛健儿 金元寿子 佐藤利奈 小清水亚美 伊藤静 皆川纯子 大原沙耶香 前田爱 藤井雪代 广桥凉 村田太志 中川翔子 井上麻里奈 早见沙织 佐仓绫音 北川景子 水树奈奈 林原惠美
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 小林爱 屋良有作 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 绪方贤一 山本圭子 上村典子 永岛由子 菅原淳一 江川央生 布目贞雄 羽佐间道夫 大塚周夫 纳谷六朗 玄田哲章 山路和弘 立木文彦 岛香裕 宇垣秀成 中岛聪彦 柳泽荣治 高濑右光 萤原彻 宫迫博之