小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
田中真弓 大谷育江 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 山口由里子 矢尾一树 岛田敏 沼田祐介 乃村健次 小野健一 青野武 藤本隆弘 金光祥浩 织田优成 冈本宽志 松本考平 中山真奈美 中尾良平 森岳志 田中大文 安田早希 齐藤贵美子 井上美纪 大场真人 野泽雅子 牛山茂
三石琴乃 福圆美里 野岛健儿 金元寿子 佐藤利奈 小清水亚美 伊藤静 皆川纯子 大原沙耶香 前田爱 藤井雪代 广桥凉 村田太志 中川翔子 井上麻里奈 早见沙织 佐仓绫音 北川景子 水树奈奈 林原惠美
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 小林爱 屋良有作 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 绪方贤一 山本圭子 上村典子 永岛由子 菅原淳一 江川央生 布目贞雄 羽佐间道夫 大塚周夫 纳谷六朗 玄田哲章 山路和弘 立木文彦 岛香裕 宇垣秀成 中岛聪彦 柳泽荣治 高濑右光 萤原彻 宫迫博之