小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。 地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
松本梨香 大谷育江 上田祐司 川菜翠 山田恭子 林原惠美 三木真一郎 犬山犬子 铃木富子 西村千奈美 坂口候一 小西克幸 野岛健儿 吉原夏希 伊东美弥子 白石凉子 山口隆行 白仓麻子 加藤木贤志 高桥良吉 比嘉久美子 幸月美和 川濑晶子 石冢运升 山寺宏一 牧濑里穗 铃木木瓜
田中真弓 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 大谷育江 渡边美佐 山口由里子 大友龙三郎 草尾毅 野岛健儿 植村喜八郎 园部启一 矢尾一树 稻田彻 橘U子 高冢正也 金月真美 辉介 中友子 进藤尚美 野田顺子 竹本英史 福原耕平 田中大文 冈本宽志 森岳志 镰田梢 藤本隆弘 金子英彦 平井启二 山本圭一郎 粕谷雄太 金光祥浩 坂熊孝彦 柴崎幸一 铃木贤 高桥刚 辰浦亮 寺本勋 日置秀马 松岛广明 松原大典 松本考平 安田早希 远藤智佳 坂元奈月 安西英美 大河内雅子 大越多佳子 川名真知子 小林弥生
矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 玄田哲章 小樱悦子 爱河里花子 樱井智 堀内贤雄 龙田直树 木村雅史 仓田雅世 那须惠 筈见纯 足立友 真堂圭 村上信五 大仓忠义 大西健晴 田中一成 阪口周平 浦山迅 乃村健次 井上喜久子 川浪叶子 山野史人