晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
松本梨香 大谷育江 上田祐司 川菜翠 山田恭子 林原惠美 三木真一郎 犬山犬子 铃木富子 西村千奈美 坂口候一 小西克幸 野岛健儿 吉原夏希 伊东美弥子 白石凉子 山口隆行 白仓麻子 加藤木贤志 高桥良吉 比嘉久美子 幸月美和 川濑晶子 石冢运升 山寺宏一 牧濑里穗 铃木木瓜
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